Erstellt von
Alexander Laatsch für
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Bei einem 6-jährigen Jungen besteht der Verdacht auf eine Erkrankung an juveniler NCL. Mittels einer PCR-Untersuchung soll eine Genanalyse bei diesem Jungen, seinem eineiigen Zwillingsbruder, der jüngeren Schwester, den Eltern sowie beiden Großmüttern durchgeführt werden (die Großväter sind vor wenigen Jahren verstorben).
Es sind noch keine Primer ausgewählt.
Primer auswählen
Die PCR wird 9x parallel durchgeführt (= 9 DNA-Proben inkl. 2 Kontrollen):
PCR
starten
Gel
starten
Der folgende Ausschnitt des menschlichen Chromosoms 16 zeigt das bei der juvenilen NCL betroffene Gen CLN3. Die rechteckigen Markierungen entsprechen den 15 Exons, die den Bauplan für das zugehörige Protein beinhalten. In Rot ist der am häufigsten vorkommende Mutationsbereich markiert, der bei der Mehrzahl der Betroffenen verlorengegangen ist (= Deletion).
Es sollen zwei PCR-Primer gewählt werden, mit denen sich feststellen lässt, ob die Deletion vorhanden ist oder nicht. Dazu lassen sich die blauen Pfeile verschieben. Die Pfeilspitze zeigt in die Richtung, in die der Primer bei der PCR verlängert wird. Der Beginn des Pfeils markiert die Anlagerungsposition des Primers (die Pfeile sind länger als dem Maßstab des Gens entspricht, da sie aufgrund der Kürze der Primer sonst nicht zu erkennen wären).
Durch Klicken auf die in den Primer-Daten erscheinenenden, roten Pfeile lassen sich Position und Länge (zwischen 18 und 25 Basen) bei Bedarf basengenau einstellen. Mit einem Doppelklick auf einen Pfeil lässt sich die Richtung des Primers wechseln.
Aus methodischen Gründen sollte der Abstand der Primer 100 bis 2000 Basenpaare (bp) betragen, und die geschätzten Anlagerungstemperaturen sollten sich um maximal 5 °C unterscheiden.
Die automatische Überprüfung zeigt einen Fehler in der PCR-Programmierung an.
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